Veuillez trouver ci-dessous une proposition de thèse réalisée à l’IC2MP (UMR7285-Poitiers) dans l’équipe Eaux Géochimie Santé.
Sujet : « Extraction, caractérisation et quantification des biomarqueurs protéiques issus de milieux complexes : optimisation et validation de l’approche analytique in situ. »
Description du sujet de thèse
La mise en évidence de biomarqueurs dans des milieux complexes est, à ce jour, un réel défi qui attise la curiosité scientifique. Grâce à l’avènement de techniques d’analyses ultra-sensibles, la protéomique et la métabolomique prennent aujourd’hui un nouvel essor. En effet, ces nouvelles approches, ont dès lors permis de caractériser, comprendre et évaluer l’activité biologique dans des champs d’activités allant du diagnostique médical à l’exobiologie. Néanmoins, un des challenges analytiques actuels correspond au développement de protocoles simplifiés, permettant l’extraction et l’analyse en ligne de composés cibles afin d’augmenter la sensibilité, de réduire le volume d’échantillon nécessaire et la consommation de réactifs.
Une des techniques de choix associée à l’analyse de composés biologiques est la chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse. Cependant la phase de traitement d’échantillon (extraction-concentration-analyse) nécessite, à l’heure actuelle, des outils coûteux associés à des protocoles longs et multiplexes.
Le projet de thèse proposé aura, entre autres objectifs, de simplifier le processus analytique, et de valider les étapes d’extraction et de caractérisation d’ultra traces dans des matrices complexes (sols, sédiments, …). Il s’agira (1) de développer un protocole d’extraction spécifique, (2) de le transposer à un système d’extraction-analyse en ligne, (3) de valider cette approche via l’extraction et la quantification de protéines à partir de milieux contrastés d’un point de vue minéralogique et organique et enfin (4) d’évaluer l’approche protéomique pour l’étude des mécanismes du sol. Une application de ce projet pourra correspondre à l’analyse de marqueurs bio-organiques en conditions extrêmes.
Calendrier des recrutements
Les auditions des candidats devront se dérouler avant le 16 mai 2014, la clôture des dossiers sera le 28 mai 2014.
Contacts :Laurent Lemée laurent.lemee..at..univ-poitiers.fr, Pauline Poinot pauline.poinot..at..univ-poitiers.fr